心血管内科是阿拉善盟中心医院的重点科室，也是阿拉善盟中心医院的重点学科，其前身为综合内科。从2006年开始陆续外派医师到宁夏自治区医院、北京安贞医院、北大人民医院、西安交大一附院、宁夏医学院附属医院学习心血管临床知识、心脏食道调搏术、心脏射频消融、冠脉造影及支架植入术。2014年4月成为独立的心血管内科，目前收治冠心病心绞痛、急性心肌梗死、心律失常、室上性心动过速、室上性心动时速、房扑房颤等病人。可以独立开展食道调搏术，大面积心肌梗死抢救，在外请专家的指导下开展冠脉造影及支架植入术、心脏起搏器植入术。具有优势和特色的研究项目：冠脉造影及支架植入术，心脏起搏器植入术。

目前科室医生有7名，其中主任医师2名，副主任医师2名，主治医师1名，住院医师2名，包括1名硕士研究生，护士13名。拥有心电监护仪、动态血压监测仪、输液泵、食道调拨仪等设备，目前每年收治心血管病人1000余人，其中危重患者占二分之一，每年抢救危重病人200余人次，开展胸腔置管引流术、冠脉造影及支架植入术、心脏永久起搏器植入术、临时起搏器安装、食道调搏术治疗房颤，多次被评为医院重点科室。

科室参加了“冠心病医疗结果评价和临床转化研究”、 由科技部、国家科技支撑计划立项支持的“冠心病医疗质量改善研究：急性心肌梗死回顾性注册登记”、“重大慢病国家注册登记研究：心力衰竭/心脏瓣膜病回顾性病例登记研究”、“中国急性心肌梗死救治项目”、“TREAT研究”等国家级、自治区级科研项目的研究。